По возвращении перешел в МДА на экстернат и начал преподавать древнегреческий язык при Греко-латинском кабинете МДАиС (2001-2013).
21 апреля 2000 г. пострижен в монашество с наречением имени Леонтий в честь святителя Леонтия Ростовского, 26 апреля рукоположен в сан иеродиакона.
9 марта 2003 г. ректором Московской духовной академии архиепископом Верейским Евгением рукоположен в сан иеромонаха.