Отец Иоанн многократно подвергался арестам — в 1923, 1924, 1925, 1926 и в 1930 годах. Во время его последнего ареста Ильинская церковь была закрыта, и, освободившись из заключения, отец Иоанн, как и большинство сызранских священников, чьи храмы были закрыты, стал служить в городском Казанском соборе. По показаниям свидетеля, он сказал за литургией проповедь о том, как мучили древних христиан за веру Христову и что такое же время пришло и сейчас. Отец Иоанн был арестован вместе с епископом Августином (Беляевым) и большой группой духовенства и мирян города Сызрани 21 февраля 1931 года.
Один из сотрудничавших с властями сызранских священников дал в качестве свидетеля такие показания против православного духовенства: «До последних дней священники Ильинской церкви Сульдин и Покровский слыли у нас в городе как истинные священники. Это я говорю на том основании, что мне приходилось не раз слышать это от мирян. Я должен сказать, что Сульдин и Покровский — попы-реакционеры, до сего времени не примирившиеся с советской властью, ждущие иных дней и иной власти. После закрытия в Сызрани церквей сергиевской ориентации большинство попов-тихоновцев сконцентрировались в Казанском соборе, где объединяющим их центром явился епископ Августин, такой же в своих убеждениях черносотенец, как и примкнувшие к нему попы. Если лаконично охарактеризовать тихоновское духовенство, можно это выразить в паре слов: все они отпетые реакционеры. Мне приходилось общаться среди этого духовенства и до революции, и после нее, был я благочинным, служил в Казанском соборе, и кому, как не мне, знать, чем дышало и чем дышит сейчас это духовенство, группирующееся около собора и епископа Августина. Все это духовенство, начиная с Сульдина... и кончая Аполлоновым, явные враги советской власти и всех ее мероприятий».
1 марта был допрошен священник Казанского собора в Сызрани Модест Аполлонов, он показал следствию: «Теперь перейду к вопросу об отношении к декларации митрополита Сергия, опубликованной в 1927 году. Когда я получил эту декларацию — я был ошеломлен ею. Прочитав ее, я с ней категорически был не согласен, так как считал, что в ней не отражено действительное положение духовенства, ибо со стороны советской власти не было такого отношения к духовенству и религии, которое рисует декларация. На самом деле советская власть притесняла духовенство и Церковь, а декларация митрополита Сергия это отрицала. Поэтому я и считаю декларацию ложью со стороны главы Церкви, митрополита Сергия. Однако я эту декларацию обнародовал и ей подчинился. После опубликования декларации... я пришел к Сульдину, как к одному из церковных авторитетов, спросить его мнения и совета по этому вопросу. В беседе с ним я убедился, что он так же, как и я, к декларации митрополита Сергия и к нему самому относится отрицательно и стоит в оппозиции к духовенству, принявшему декларацию. Однако мне Сульдин сказал, чтобы я формально подчинился этой декларации и ее обнародовал... Сульдин для местного реакционного духовенства являлся громадным авторитетом, и к его слову и мнению все прислушивались и тянулись к нему. Авторитет его был не только среди духовенства, но и у мирян, особенно у тех, которые в прошлом были видными людьми».
В тот же день был допрошен и отец Иоанн Сульдин. Отвечая на вопросы следователя, он сказал, что принадлежал и принадлежит к тихоновской ориентации. «Декларацию митрополита Сергия я получил и ее обнародовал на приходском совете и за службой в церкви, ей подчинялся беспрекословно. Эту декларацию я ни с кем не обсуждал, но по поводу этой декларации со священником Аполлоновым разговор имел. Он меня спрашивал, получили ли мы эту декларацию. Я ответил: «Получили и привели в исполнение». Своих взглядов на декларацию митрополита Сергия я священнику Аполлонову не высказывал. Проповеди я говорил, но не так часто; в них я мероприятий советской власти не задевал и вообще выпадов против властей не делал... Книгу Нилуса «Сионские протоколы» я знал по библиографическим указаниям «Церковных ведомостей». Лично сам я ее не видел и не читал. Никаких разговоров со священником Аполлоновым о коллективизации, раскулачивании и вообще о мероприятиях советской власти в деревне не вел никогда, а также в этой плоскости я не вел разговоров и с другими лицами, а также не было разговора и о тяжелой жизни духовенства, — все это я категорически отрицаю... Виновным себя не признаю по всем пунктам предъявленного мне обвинения».
7 июня 1931 года следователи устроили очную ставку между священниками Модестом Аполлоновым и Иоанном Сульдиным, и следователь спросил отца Иоанна:
— Действительно ли священник Аполлонов с 1929 года по март 1930 года жил у вас на квартире и в процессе совместной жизни действительно ли вы беседовали со священником Аполлоновым по всем указанным выше и вам зачитанным вопросам?
Отец Иоанн на это ответил:
— Священник Аполлонов действительно жил у меня на квартире в указанное выше время, выписывал газеты, мы, безусловно, с ним вместе их читали; беседы о коллективизации велись лишь только на основании газетных сведений, так как я с деревней не знаком. Священник Аполлонов действительно мне говорил о тяжести своего положения, ввиду того, что ему пришлось заплатить налог. Относительно положения духовенства в настоящее время мы приходили к выводу, что в настоящее время духовенству живется тяжело, но сравнения с прежней царской жизнью духовенства мы не делали и упреков по отношению к власти не высказывали. По поводу данного митрополитом Сергием интервью иностранным корреспондентам о том, что в СССР нет гонения на религию и духовенство, мы действительно со священником Аполлоновым говорили, но точно не помню, — возможно, мы делали вывод, будет ли оно принято или как отнесется к нему духовенство, но точно не помню. Но каких-либо противоречий против этого интервью мы не выносили и были с ним согласны. Категорически отрицаю то, что я книгу Нилуса «Протоколы сионских мудрецов» читал, а также по данным этой книги рассуждений с Аполлоновым не вел и вести не мог. Говорил ли мне об этом Аполлонов, я точно не помню; возможно, что и говорил, но совершенно без каких-либо выпадов и подчеркиваний мест в книге.
— Аполлонов, подтверждаете ли вы показания, данные вами на следствии? — спросил следователь отца Модеста.
— В тех выражениях, как они зафиксированы, я не подтверждаю, но подтверждаю то, что книгу Нилуса я читал. В город я эту книгу не привозил и у священника Сульдина совместно с ним не читал. Говорил, что накладывают налоги для меня непосильные. Об интервью мы говорили с Сульдиным, но не в той плоскости, как это записано в протоколе. Говорили, что переживаем тяжелое время, но о том, что со стороны властей было какое-либо гонение, мы не говорили. Относительно того, что советская власть неприемлема для Церкви, мы не говорили. А также не говорили о том, что коллективизация, если таковая не будет связана с религией, для православных христиан будет неприемлема.
В камеру, где были заключены священники, был помещен осведомитель, который доносил следователям, о чем говорили между собой священники. В частности, он показал: «Из разговоров в камере № 4 со священником Ильинской церкви Сульдиным выяснилось, что у Сульдина, на его квартире, частенько собирались еще до момента закрытия церквей в Сызрани. В момент этих сборищ между ними, говорил Сульдин, происходил обмен мнениями относительно происходящих в настоящее время событий, а также по отдельным мероприятиям советской власти. 19 мая 1931 года Сульдин и Жегалов в разговоре в камере № 4 определенно заявили: "Пусть с нами что хотят делают и какая угодно пусть нас ожидает кара, но мы признаваться не будем, до конца будем стоять на своем пути, чтобы с нами ни делали. Мы чувствуем, что не останемся жить..."».
К 1931 году, времени его ареста, батюшка был вдов, один воспитывал шестерых детей. Его арестовали в феврале 1931 года по «делу группы духовенства и мирян Самарской о., Сызранского у., 1931г.». Он был обвинен в том, что якобы «являлся в Сызрани основоположником к/р организации "Истинные". Вел непримиримую борьбу против признания Советской власти и Декларации митрополита Сергия, отстаивая устои прежней царской власти». Вины за собой священник не признал.
28 октября 1931 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило священника Иоанна Сульдина к трем годам заключения в концлагерь.
После отбытия заключения в 1933 году отец Иоанн снова был арестован и приговорен к 3 годам ссылки в Северный край. Из ссылки батюшка приехал в Самару и, как записано в его деле, «проживал в Куйбышеве без определенных занятий».
В ноябре 1937 года священномученик Иоанн был арестован последний раз. Он проходил по групповому «делу архиепископа Александра (Трапицына) и др. Самара, 1938 г.». В вину ему вменялось «участие в подпольной контрреволюционной церковно-сектантской организации». Несмотря на то что священник не признал себя виновным, тройка НКВД приговорила его к высшей мере наказания.
14 января 1938 года отец Иоанн был расстрелян вместе с архиепископом Александром и другими священнослужителями. Похоронен в общей могиле в Куйбышеве.
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских в августе 2000 года на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви.
Дни памяти: 14 января (1 января по ст. ст.) в Соборе Самарских святых и в Соборе новомучеников и исповедников Церкви Русской.
